Enviaseo realiza auditoría a la ruta hospitalaria y similares; este mecanismo sirve para evaluar y verificar que el proceso de recolección se cumpla bajo los lineamientos establecidos por la entidad. En esta ruta se recogen residuos peligrosos como: infecciosos o de riesgo biológico, químicos y radiactivos.
Para la prestación del servicio, Enviaseo cuenta con un equipo de trabajo idoneo, que permite cumplir con el destino final de estos residuos como lo establece la Ley, dando cumplimiento a los siguientes decretos: 351 de 2014 y 4741 de 2005.